Il étudia le clavecin à Paris avec Huguette Dreyfus et Christophe Rousset, et Laurence Boulay pour la basse continue, parallèlement à un cursus en Histoire de la musique et musicologie à la Schola Cantorum de Paris, au CNR de Versailles et à la Sorbonne. Il poursuivit ses études au Conservatorium Sweelinck d’Amsterdam, auprès de Bob van Asperen, ainsi qu’au Conservatoire royal de La Haye, avec les Frères Kuijken, Lucy van Dael et Wilbert Hazelzet (musique de chambre), Max van Egmont et Marius van Altena (accompagnement vocal). Passionné par l’art vocal baroque, il a également suivi les cours d’interprétation de Kai Wessel, Barbara Schlick et Konrad Junghänel à Cologne, et de René Jacobs à Venise.

Sébastien Guillot obtint un second prix au Concours international Musica Antiqua de Bruges, en 1997. Accompagnateur des plus grands solistes (Kai Wessel, Peter Kooy, Vincent Darras, Jed Wentz…) et chef de chant réputé (Centre de musique baroque de Versailles, Maîtrise de Notre-Dame de Paris), il fut également accompagnateur au Department of Early music du Conservatoire royal de La Haye, et chargé de cours à l’Université de Paris-IV (Sorbonne). Il poursuit une carrière de concertiste et enseigne la musique ancienne dans des conservatoires parisiens.

Il vit actuellement à Rome, où il poursuit un Doctorat en Musicologie à l’Università degli Studi di Roma « La Sapienza ». Il est organiste de l’Eglise St-Nicolas-des-Lorrains de Rome.